Pagal klasifikavimą, giliuosiuose ežeruose pagrindinės vertingos pramoninės žuvys yra: sykas, seliava, stinta ir karšis. Gilieji ežerai žuvininkystės požiūriu gali būti seliaviniai-sykiniai, stintiniai-sykiniai, karšiniai-sykiniai ir seliaviniai-karšiniai. Tačiau karšis giliuosiuose ežeruose turi mažesnę reikšmę, negu vidutiniuose ir negiliuose ežeruose.
Karšiams veistis giliuose ežeruose trukdo tinkamų nerštaviečių trūkumas. Karšio mėgiamas maistas (ypač chironomidų (uodo trūklio) lervos) vasarą daugiausia laikosi maždaug 4 metrų gilumoje ant dumblingo dugno. Užtat giliuose ežeruose karšiui maitintis tinkamų vietų nedaug. Be to, giliuose ežeruose vasarą vandens temperatūra yra žemesnė ir maža tinkamų vietų žiemoti, nes tokių ežerų gruntas dažniausiai yra smėlėtas arba smėlėtas-žvirgždėtas.
Giliuose ežeruose palyginti nedaug ir pūgžlių. Jų kiekį, matyt, apriboja maisto ištekliai ir žema vandens temperatūra.
Lietuvos giliuose ežeruose yra gana dideli antraeilių pramoninių žuvų ištekliai, pvz., lydekų, ešerių, kuojų, aukšlių ir kt. Tokiuose ežeruose, ypač kur gausu stintų, rekomenduojama įveisti starkių, kurie minta stintomis ir tuo pačiu pagerina seliavoms gyvenimo sąlygas. Pravartu taip pat auginti ungurius, kurie minta pūgžliais ir moliuskais.


